は一般强调大主语，が一般是小主语

这是平井坚的歌词吧。因为是歌词，我觉得这里「が」和「は」的差别很微妙。

首先两个句子都不是普通会话的句子，而是结合下面两个句子的状态。

「心が（は）君を覚えている」+「体が（は）君を覚えている」

那么，「（僕の）心が君を覚えている」和「（僕の）心は君を覚えている」，

每个句子表达的情况是一样的，两个语法都没有错误。

但，按我个人的感觉，「心が君を覚えている」读起来，让我想像到这样的「僕」的心情：

「僕」的心突然很自然地想念「君」，尽管「僕」的理性想要忘掉「君」，

「僕」的心怎么也抹不掉「君」的回忆。

当然这里说「心は
		体は」也可以，实在是非常微妙的差别。不过这里「が」还是能表达

上面所说的涌出来的感情。正如上楼的人士说明，可能是因为「が」通常使用于小主语。

因为我是日本人，不太会做语法解释。对不起。看前边的歌词，希望也许更好理解。。。

    消し去ろうと願う度に

    心が　体が　君を覚えている