ここの「～にある」というのは「～にあります」の連体形（簡体）、つまり、“在这栋百货大楼旁边的那栋高楼就是了”という意味です。我觉得用の更好。就好像：

「北京にいる友達」と「北京の友達」。并不表示从属的时候用存在句更好些。